肝功能异常或是因为肝脏疾病

患上肝脏类的疾病，有如病毒性肝炎、脂肪肝、酒精肝、肝硬化、肝癌等是最常见的肝功能异常的原因，这些疾病都会引起肝功能异常。还有可能是肝癌细胞对肝脏的破坏，也会引起对肝组织的损伤。

肝功能异常或是因为化学药品中毒

化学药品中毒如四氯化碳、氯仿、磷、锑、砷剂等，可破坏肝细胞的酶系统，引起代谢障碍，或使氧化磷酸化过程受到抑制，ATP生成减少，导致肝细胞变性坏死，导致肝功能异常。

肝功能异常或是因为感染寄生虫

如钩端螺旋体、细菌、病毒均可造成肝脏损害，其中尤以病毒最常见。如：肝包虫病、肝细菌感染、乙型肝炎等，也是导致肝功能异常的原因。

肝功能异常或是因为营养不足

营养不足如缺乏胆硷、甲硫氨酸时，可以引起肝脂肪性变。这是因为肝内脂肪的运输须先转变为磷脂（主要为卵磷脂），而胆硷是卵磷脂的必需组成部分。甲硫氨酸供给合成胆硷的甲基。当这些物质缺乏时，脂肪从肝中移除受阻，造成肝的脂肪性变。

肝功能异常或是因为胆道阻塞

如结石、肿瘤、蛔虫等使胆汁淤积，如时间过长，可因滞留的胆汁对肝细胞的损害作用和肝内扩张的胆管对血窦压迫造成肝缺血，引起肝细胞变性和坏死，成为肝功能的异常的原因。